中科院海洋生物資源可持續利用重點實驗室（依托于南海海洋研究所）秦啟偉研究員領導的團隊，在海洋病毒編碼的miRNA研究方面取得突破性進展。團隊成員閆陽博士等首次鑒定并驗證了一種新的海洋病毒——石斑魚虹彩病毒能夠編碼功能性miRNA。研究成果已于近日發表在國際知名的綜合類學術期刊《公共科學圖書館—綜合》（Yan ,et al. 2011. Identification of a Novel Marine Fish Virus, Singapore Grouper Iridovirus-Encoded MicroRNAs Expressed in Grouper Cells by Solexa Sequencing. PloS ONE. 2011. 6(4): e19148）。

虹彩病毒（iridovirus）是一類廣泛感染無脊椎和低等水生脊椎動物的大分子DNA病毒，對海洋野生動物種群和海水養殖動物造成極大威脅。石斑魚虹彩病毒（Singapore grouper iridovirus, SGIV）是該團隊從海水養殖石斑魚體中分離出的一種新的高致病性虹彩病毒，是中國和東南亞海水養殖魚類最重要的病毒性病原之一。然而，目前對SGIV感染致病的分子機理尚不十分清楚，缺乏有效的防治手段。

病毒編碼的miRNA研究方興未艾，因其長度較短、沒有免疫原性等特點而成為治療疾病的新型靶點。團隊為揭示SGIV在其感染過程中是否編碼miRNA，將感染了SGIV不同時期的石斑魚胚胎細胞混合后構建小RNA庫，進行Illumina/Solexa RNA深度測序。通過一系列生物信息學分析，最終確定16條SGIV編碼的miRNA序列，其中一條與2型單純皰疹病毒編碼的miR-H4-5p具有高度同源性，提示miRNA在遠緣病毒種中具有一定的保守性。這16個新發現的miRNA散在分布于SGIV基因組中，其中三個定位于ORF057L。同時發現SGIV編碼的miRNA在其3' 端或5' 端存在序列或長度的異質性，可能會影響其與靶基因的識別。熒光定量PCR及熒光素酶報告基因分析了這16個miRNA的表達水平和潛在的生物學活性，證實其中11個miRNA確實存在于SGIV感染的石斑魚胚胎細胞中，并發揮生物學功能。

以前只有人類和哺乳動物編碼miRNA的研究報道，其中報道較多的為皰疹病毒科的各成員。該研究首次在國際上證實了海洋病毒也可以編碼功能性miRNA，將miRNA研究推向了一個新的層次。

該項研究受到國家杰出青年基金、國家重點基礎研究計劃（“973”計劃）和中科院知識創新工程重要方向項目資助。

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