第一任所長（1947-1949）
海洋生物學家

第二任所長（1951-1976）
海洋生態和水產學家

第三任所長（1981-1988）
海洋生態與養殖學家

第四任所長（1988-1994）
海洋生態學家

第五任所長（1994-2008）
中國工程院院士、海洋漁業資源與生態學家

第六任所長（2008-2013）
海水養殖生物遺傳育種學家

第七任所長（2013-2023）
海洋漁業資源與生態學家