基因芯片是提升育種效率、培育抗病、抗逆及優(yōu)質(zhì)等新品種的重要分子工具。近年來，針對(duì)對(duì)蝦基因組育種缺乏低成本、高通量的基因芯片現(xiàn)狀，中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院黃海水產(chǎn)研究所孔杰研究員團(tuán)隊(duì)研制出40K SNP基因芯片“黃海芯1號(hào)”。依據(jù)多代系譜，采用一步法基因組選擇技術(shù)，“黃海芯1號(hào)”已經(jīng)應(yīng)用于對(duì)蝦的商業(yè)化育種中，在提高致急性肝胰腺壞死病副溶血弧菌（Vp_AHPND）、白斑綜合征病毒（WSSV）抗性和生長(zhǎng)速度等方面取得顯著進(jìn)展。

研究團(tuán)隊(duì)對(duì)世界上重要對(duì)蝦養(yǎng)殖群體和品系進(jìn)行了全基因組重測(cè)序，獲得6百萬個(gè)有效SNP標(biāo)記，經(jīng)過整合WSSV抗性、氨氮耐受性、飼料轉(zhuǎn)化效率等相關(guān)SNP位點(diǎn)，選留45815個(gè)標(biāo)記并構(gòu)建了液相芯片。利用該芯片的基因型檢測(cè)結(jié)果，對(duì)Vp_AHPND和WSSV侵染的抗性開展一步法基因組選擇，準(zhǔn)確性比傳統(tǒng)的BLUP方法高29%-91%。該團(tuán)隊(duì)已經(jīng)與石家莊博瑞迪生物技術(shù)有限公司簽約，聯(lián)合開展育種技術(shù)服務(wù)與SNP基因型檢測(cè)服務(wù)。目前，“黃海芯1號(hào)”已推廣應(yīng)用于4個(gè)凡納濱對(duì)蝦的遺傳育種項(xiàng)目，分型個(gè)體數(shù)量超過2000尾。

對(duì)蝦40K SNP育種芯片“黃海芯1號(hào)”的研發(fā)，為凡納濱對(duì)蝦基因組親緣關(guān)系鑒定、遺傳結(jié)構(gòu)與遺傳多樣性分析、多性狀基因組選擇等提供了重要工具，對(duì)進(jìn)一步推動(dòng)對(duì)蝦種業(yè)的快速發(fā)展起到至關(guān)重要的作用。

圖1 “黃海芯1號(hào)”對(duì)蝦基因芯片的SNP位點(diǎn)分布圖

圖2 世界上主要對(duì)蝦品系的“黃海芯1號(hào)”聚類圖

圖3 世界上主要對(duì)蝦品系的“黃海芯1號(hào)”親緣關(guān)系熱圖