近日，由中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院黃海水產(chǎn)研究所紀(jì)曉峰等研究發(fā)明的“一種電壓-門(mén)控鈉離子通道的結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法”獲國(guó)家發(fā)明專(zhuān)利授權(quán)，專(zhuān)利號(hào)2017105453919。

本發(fā)明公開(kāi)了一種適用于電壓?門(mén)控鈉離子通道的結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的方法，具體涉及一種基于模板構(gòu)建真核電壓?門(mén)控鈉離子通道Na_v1.5孔道結(jié)構(gòu)域開(kāi)放態(tài)的結(jié)構(gòu)模建方法。首先通過(guò)rosetta的膜蛋白同源模建方法，以獲得晶體三極結(jié)構(gòu)的細(xì)菌鈉離子通道模板，初步構(gòu)建組成Na_v1.5孔道結(jié)構(gòu)域的四個(gè)亞基結(jié)構(gòu)；然后根據(jù)各個(gè)構(gòu)建模型的打分情況進(jìn)行排序，挑選得分最高的結(jié)構(gòu)作為各個(gè)結(jié)構(gòu)域的初始結(jié)構(gòu)；然后將構(gòu)建完成的四個(gè)亞基結(jié)構(gòu)分別比對(duì)到4CBC的四個(gè)亞基上，并對(duì)組裝完成的整體結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化；以已有局部麻醉劑類(lèi)藥物的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)和試驗(yàn)數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)，與優(yōu)化完的結(jié)構(gòu)進(jìn)行分子對(duì)接，根據(jù)已有實(shí)驗(yàn)結(jié)果設(shè)定篩選和評(píng)價(jià)策略，確定構(gòu)建模型的可靠性。