農業部海洋漁業可持續發展重點實驗室，其歷史沿革可以追溯到上世紀九十年代中后期，1996年11月農業部批準成立“農業部海水增養殖病害與生態重點開放實驗室”(農科函[1996]23號)；2000年更名為“農業部海洋漁業資源可持續利用重點開放實驗室”(農科教計[2000]110號)；2011年根據《農業部重點實驗室發展規劃(2010-2015年)》(農科教發[2010]4號)和《農業部重點實驗室管理辦法》(農科教發[2010]5號)，實驗室參加了農業部組織的重點實驗室體系布局和遴選，被確定為農業部海洋漁業可持續發展學科群的綜合性重點實驗室，并更名為現名(農科教發[2011]8號)。