建設立足海洋經濟創新發展區域規劃和國家需求、學科建設和漁業發展需要，瞄準海洋經濟創新發展之海洋生物資源綜合利用和質量安全的重大科技問題及學科前沿應用基礎研究和行業發展關鍵技術，著力提升科技協同創新能力和服務能力，積蓄前瞻性技術儲備，加快科技成果的產業化，成為集應用基礎研究、技術開發、推廣示范于一體的重要基地。
該工程研究中心的建設以黃海水產研究所為主要技術依托，運用國內、外先進的工程技術和生化技術、現代加工工藝和系統設計理念，建設成為山東生物海洋資源加工領域的研發公共服務平臺，成為海洋生物制品產業科技創新、成果轉化和加工示范的重要基地和人才培養、國際交流的載體。
工程研究中心根據我國海洋產業需求及主要學科帶頭人的研究方向，分為5個研究方向，分別為：海洋食品精深加工、大宗水產品及副產物綜合利用、海洋生物資源加工質量安全控制與風險評估、海洋產物資源與生物轉化工程、海洋生物清潔生產過程調控技術研發。
1.海洋食品精深加工技術
主要開展的研究工作根據產品種類分為兩大方向，海參精深加工技術開發及質量控制體系建立與經濟魚類、貝類高值化加工利用。
2.大宗水產品及副產物綜合利用
主要開展的研究工作包括大宗海洋低值魚類高值化加工技術、大型海藻資源綜合利用加工技術和南極磷蝦精深加工技術的研發工作。
3.海洋生物資源加工質量安全控制與風險評估
主要開展的研究工作主要面向我國主要水產加工產品，形成完整的質量評價及安全體系，建立引領行業科學規范化發展的行業標準體系和食品安全與質量控制平臺。
4.海洋產物資源與生物轉化工程
篩選海洋產物資源的新功能，發現和創造新型生物催化劑、創新藥物和生物制品，完善海洋微生物與酶工程的理論和方法，形成海洋產物資源前期基礎和應用研究的合理體系。
5.海洋生物清潔生產過程調控技術研發
以海洋生物清潔生產過程調控及技術研發為主要研究方向，以海洋生物生產過程營養元素的系統流動和生態影響機制為基礎，開展清潔生產過程養殖環境優化新技術、新工藝、新產品的研究與開發；進一步查明養殖系統中主要外源危害因素（微生物、藥物、重金屬等）對養殖動物、微生物群落、理化因子的長期影響及環境對危害因子的消除作用，建立海洋生物清潔生產過程及產品質量安全調控技術。
